Le Décret du Concile Vatican II Ad Gentes, en son numéro 38, traitant des devoirs de l'Evêque par rapport à la mission universelle, indique : « de promouvoir auprès de ses fidèles les œuvres des instituts missionnaires, mais particulièrement les Œuvres pontificales missionnaires. Car c’est à ces œuvres qu’à bon droit doit être attribuée la première place, puisqu’elles sont des moyens pour pénétrer les catholiques, dès leur enfance, d’un esprit vraiment universel et missionnaire, et pour provoquer une collecte efficace de fonds au profit de toutes les missions » (AG 38).
D'un point de vue structurel, les Œuvres pontificales missionnaires sont à la fois universelles et locales. Elles sont coordonnées au niveau universel par les quatre Secrétariats internationaux, placés sous un Président unique et confiées à la Congrégation pour l'Evangélisation des Peuples.
La dimension locale se manifeste au travers des quelques 120 Directions nationales qui, à leur tour, appuient l'action des responsables diocésains. Le canon 791 du Code de Droit canonique prévoit que « un prêtre sera chargé de promouvoir efficacement les oeuvres en faveur des missions, principalement les Œuvres Pontificales Missionnaires ». Le grand devoir des Œuvres pontificales missionnaire consiste dans la sensibilisation en faveur de la mission qui – dans le sillage de tout l'enseignement des Papes et du Concile Vatican II – est un devoir de l'ensemble du peuple de Dieu. Les Œuvres pontificales missionnaires ont le mandat spécial de tenir cet esprit vivant.