Le Père Guy Bognon est né à Adjohoun (Ouémé, Benin) le 12 juin 1969 et a été ordonné prêtre le 21 octobre 2000. Il s'est formé au Petit Séminaire Saint Paul de Djimè*, au Séminaire moyen Notre-Dame de Fatima de Parakou, et, après un passage au Séminaire propédeutique de Porto-Novo, au Grand Séminaire Saint Gall de Ouidah, où il a obtenu un baccalauréat en Théologie. Après son ordination sacerdotale, il a été Vicaire de la Cathédrale de Porto Novo.
En 2002, en France, il est entré dans la Compagnie des Prêtres de Saint Sulpice (PSS), dont il est devenu membre en 2005 après une période de formation à Montréal (Canada).
Il a obtenu une Licence en Théologie biblique à l'Université de Toulouse et une Licence en Exégèse biblique à l'Institut pontifical biblique de Rome et à l'Université juive de Jérusalem. De 2009 à 2013, il a été formateur et enseignant au Grand Séminaire Saint Gall de Ouidah, chargé de la formation des candidats PSS du Bénin, du Burkina Faso et du Togo, et de la formation permanente des jeunes prêtres du Diocèse de Porto Novo.
En juin 2013, il a été nommé Recteur du Grand Séminaire interdiocésain Saint Paul sis dans le Diocèse d'Abomey (Bénin).
En 2015, il a été appelé à Rome pour collaborer au Secrétariat de l'Œuvre de Saint Pierre Apôtre dont il est devenu le Secrétaire général en 2018.
* Depuis 2008, ce Séminaire a été transformé en Grand Séminaire de Philosophie.